Le site Natura 2000 de Printegarde est un site remarquable pour la conservation des oiseaux sauvages. Sa valeur est liée à la mozaïque de zones humides qui le compose et à sa position stratégique sur l'axe migratoire des oiseaux qu'est la vallée du Rhône.
Une étude a été réalisée en 2013 par la Ligue de Protection des Oiseaux pour évaluer l'intérêt écologique de Printegarde pour les oiseaux, notamment au regard de la grande roselière que ce site habrite.
Cette étude a mis en évidence que 52 espèces de l'annexe I de la Directive Oiseaux fréquentent le site dont 50 sont protégées et 36 sont considérées comme menacées. Parmi elles, 46% sont migratrices, 20% sont des espèces estivantes et 18 % des espèces hivernantes.
Les espèces les plus régulièrement notées sur le site
 | Le Martin pêcheur |  | Le Balbuzard pêcheur |
 | Le Milan noir |
| Le Héron pourpré |
 | L'Aigrette garzette |  | La Grande Aigrette |
Etat de conservation des oiseaux
 | Chez les oiseaux nicheurs (qui se reproduisent en été),le Blongios nain est l'espèce qui a le statut le plus préoccupant puisqu'en Rhône-Alpes il est considéré en danger critique de disparition par la Liste rouge. |
Chez les oiseaux hivernants (passant l'hiver à Printegarde),l'Aigrette garzette est très présente sur le site. De par son statut vulnérable sur la Liste rouge de Rhône-Alpes, elle montre un enjeu de conservation des plus importants sur la réserve. |  |
Sterne Pierregarin
| Chez les oiseaux migrateurs,le site de Printegarde voit passer et accueille de nombreuses espèces d'oiseaux échassiers, de rapaces et de sternes classés des Listes rouges nationale et régionale.
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Bruant des roseaux | Parmis les espèces dites "paludicoles" (qui vivent dans les roselières, les étangs ou les marais), le Bruant des roseaux, la Mésange bleue et la Rémiz penduline, sont les 3 espèces les plus capturées entre 1999 et 2013 lors des études par capture et baguage. |
Rémiz penduline |
Le rôle de Printegarde dans la migration des oiseaux
Deux espèces nous permettent aujourd’hui d’avoir des informations sur l’origine et le devenir des oiseaux capturés à Printegarde : le Bruant des roseaux et la Rémiz penduline. L’étude des données de baguage nous apprennent que, pour ces deux espèces, les sites de nidification se situent sur le pourtour de la Mer Baltique et de l’Europe centrale (voir la carte ci-dessous pour la Remiz Penduline). La Vallée du Rhône est utilisée comme couloir de migration mais également comme site d’hivernage. On voit ainsi que le site de Printegarde fait partie d'un continuum de sites importants pour les oiseaux migrateurs européens.
